Озеро Ая залегает на древней террасе реки Катунь и в далеком прошлом являлось ее днищем. Ученые считают, что около 25 тысяч лет назад, когда суша освобождалась от покрова ледников, в этом месте часть гор обрушилась. В процессе образовались несколько впадин, потом они заполнились водой и превратились в цепь озер. Всего их было четыре, но сохранилось только озеро Ая, остальные превратились в болота.
О происхождении озера существует несколько легенд. Одна из них сообщает, что некогда в горах обитал людоед Дельбеген. Когда стало ясно, что пройдет немного времени и Дельбеген окончательно уничтожит человечество, люди стали молить Луну о спасении и были услышаны. Луна спустилась вниз и забрала каннибала, а там, где она соприкоснулась с земной поверхностью, образовалась впадина, ставшая впоследствии прекрасным озером. Название Ая переводится на русский как “Луна”.
Еще две легенды связаны с любовными страстями. Первая посвящена отношениям бедного пастуха и дочери местного богача. Понимая, что отец девушки никогда не даст согласие на брак, возлюбленные решили бежать. Но в назначенный час девушка не пришла на место встречи и юноша бросился вниз с высокой скалы. Оказалось, что отец, чувствуя неладное, не спускал глаз с дочери. Ей все-таки удалось выбраться, но осознав, что произошло, она разрыдалась, слезы заполнили впадину и в появившемся озере девушка утопилась.
Согласно другому преданию, недалеко от озера в местном племени жили парень и девушка, которые собирались пожениться, и невеста получила в подарок платок. Отправившись в лес, красавица увидела раненого медведя и проникшись сочувствием к нему перевязала животное подаренным платком. Потом девушка несколько раз проведывала медведя и всей душой привязалась к нему. Но жених был ревнив и когда обнаружил пропажу подарка, начал следить за невестой. Застав ее с медведем, он убил зверя. Девушка пыталась остановить кровь, прикладывая к ране платок, но все ее усилия были напрасны. В отчаянии она побежала к озеру, прыгнула в воду и погибла. Красавицу звали Ая, а в том месте, где с платка упали капли медвежьей крови, теперь растут красные ягоды.