Берега реки Катунь покрыты темнохвойными породами деревьев. Здесь растут кедровые сосны, пихты и ели, за которыми уже можно встретить сосну, бук, можжевельник, березу, лиственницу.
В теплое время года скальные участки реки покрываются пышным ковром цветов. По берегам также растет пион, ковыль перистый, маралий корень, рябчик мутовчатый. Некоторые представители местной флоры имеют статус особо охраняемых и занесены в Красную книгу Алтая.
Большое разнообразие растительного мира Катуни обусловлено четырьмя зонами, которые сменяют друг друга мо перепада высоты над уровнем моря. К ним относятся такие пояса:
- Нивальный
- Горно-тундровый
- Субальпийский
- Лугово-лесной
Река Катунь — родной дом для многих видов диких животных, в том числе и таких хищников как медведь, рысь, барсук, волк, куница, росомаха. Здесь обитает редчайший снежный барс и манул, которые занесены в Красную книгу России. На берегах реки можно встретить кабана, лося, кабаргу, сибирского лесного оленя, марала, а также мелких животных: зайца-беляка, белку, бурозубку, полевку, летучую мышь.
В водах Катуни обитает около 30 видов рыб, среди которых встречается осетр, хариус, язь, стерлядь.